L'église Saint-Germain de La-Ferté-Loupière a été construite au tout début du XIIe siècle. De cette église primitive, il subsiste notamment le magnifique porche d’entrée de pur style roman et, de part et d’autre dans la nef principale, les trois premières arcades en plein cintre. Sur la croisée des transepts, prolongeant l’ascendance des toits de tuile, s'élève une fine flèche d'ardoise. L’église est classée aux Monuments Historiques ainsi que ses remarquables peintures murales et une cloche datant du XIVe siècle. Au fil des siècles, les constructions se sont élevées par superpositions : Aux XIVe et XVe siècles, une église gothique fut élevée sur un second niveau. Détruite avec la ville lors de la Guerre de Cent Ans, l’église fut à nouveau relevée par Pierre de Courtenay dans le style ogival flamboyant de l'époque : ainsi les dernières arcades sont-elles de forme ogivale, de même que les fenêtres de la façade où l’on peut encore remarquer quelques vestiges des vitraux primitifs. Dans le chœur, un reste de vitrail représente les armes de ce seigneur avec celles de sa femme, ce qui permet de penser que la reconstruction de l’église se fit entre 1471, date de son mariage avec Perrine de la Roche, et 1504, date de sa mort. Toutes les arcades s’appuient sur les piles en grès de l'église romane, environ à 1,20 m du sol, car le dallage d’origine se trouve enfoui à deux mètres de profondeur. Les chapiteaux des piliers sont ornés de motifs géométriques, de volutes et de décorations végétales. Au XVIIe siècle, l'édifice connut une troisième élévation et de nouvelles transformations, comme la surélévation de la voûte de la nef principale, l’élargissement et le rehaussement des bas-côtés, ainsi que l’éclairement par la lumière naturelle à travers des fenêtres à arc bombé. Au XIXème siècle, les voûtes du chœur et celles des deux chapelles furent remplacées par les voûtes à berceau actuelles, beaucoup plus hautes ; leurs fenêtres furent alors aveuglées, tout comme celles de la nef. Près de celle qui éclaire le bas-côté droit se trouve une porte basse avec son linteau orné d'un arc en accolade. Derrière l’autel dans le chœur, la grande verrière du fond présente un vitrail réalisé en 1889. Signalons enfin le magnifique escalier à vis du XVe siècle dans la chapelle de gauche. L'église abrite une exceptionnelle Danse Macabre parmi les rares danses existant en France. Elle est précédée d'un Dict des Trois Morts et des Trois Vifs. Sous cet ensemble qui occupe tout le mur nord ont été représentés un Saint Michel terrassant le Dragon et une Vierge de l'Annonciation. Ces quatre peintures murales remontent à la fin du XVe siècle et au XVIe siècle. La Danse Macabre se développe sur 25 mètres de long et met en scène 42 personnages. Elle s’ouvre sur un écrivain assis qui enregistre les personnages sur son parchemin. Viennent ensuite trois squelettes musiciens qui rythment une terrifiante sarabande. Puis le cortège défile, formé de 19 couples de Vivants, chacun escorté par son Mort. Cet ensemble de clercs et de laïcs représente toute la hiérarchie sociale de l’époque. Les Vivants se détachent sur un fond blanc, vêtus de costumes colorés aux harmonies d'ocres, de terres, de verts, de roses et de violets. L'expression des visages reflète la peur des Vivants face à leur mort grimaçante. La Danse Macabre délivre un triple message : la mort est inattendue, inévitable et surtout, elle rétablit l'égalité entre tous les hommes. La rareté du thème de la Danse Macabre - on n’en dénombre que six en France – ainsi que la qualité exceptionnelle de l’œuvre, font de l'église de La Ferté-Loupière un des attraits majeurs de la région. L’église Saint-Germain fait partie du Réseau des Peintures Murales de Puisaye-Forterre. Dès 1911, les Monuments Historiques classaient l’église de La Ferté-Loupière et ses peintures murales. En 2009, celles-ci valurent à la commune d’être la lauréate du Grand Prix de la Fondation Prince Louis de Polignac.
