Le premier maître connu de Chissey, Eudes, en 1271, était fils d'un seigneur du Roussillon. L'abbé Doret, curé de Chissey à la fin du XIXe siècle, écrit que le domaine appartenait à la baronnie des évêques d'Autun, qui le tenaient eux-mêmes en "arrière-fief" des Ducs de Bourgogne, et l'avait inféodé à un seigneur laïc. On décrit alors le domaine de Chissey comme "maison forte avec fossés et moulin". Le mariage d'Isabeau de Chissey le fait passer dans la famille de Chaugy en 1374. La construction du corps de logis principal et des ses dépendances remonte au milieu du XVe siècle. Elle serait l'œuvre de Michaut de Chaugy, qui connut une brillante fortune au service des Ducs de Bourgogne, Philippe le Bon et Charles le Téméraire. En 1558, Chissey est vendu par la famille de Chaugy à Claude Regnier de Montmoyen, président de la Chambre des Comptes de Dijon. Son petit fils, Odinet de Montmoyen, ligueur et gouverneur d'Autun, prit en charge les réparations nécessaires dans le style de la Renaissance, à la fin du XVIe siècle. L'abbé Doret situe en 1608 le mariage de Marie de Montmoyen, fille d'Odinet, avec Léonard de Chissey, qui s'était distingué au siège d'Autun, et reprend le nom de la seigneurie. Leur fille Chrétienne de Chissey meurt sans postérité en 1685, et le château finit par être vendu à la famille Fussey au XVIIIe siècle. A la Révolution, il sera récupéré comme bien national et revendu en 1796 (14 thermidor, an IV) à un notable issu de la Révolution, Joseph Brochot de Villiers et son cousin Hubinet de Soubise, dont les familles firent restaurer la charpente du donjon en 1867 et ouvrirent de nombreuses baies de grandes dimensions (tour nord-ouest, corps de logis principal et tour nord-est). De 1880 environ jusqu'en 1992, le château a eu une vocation agricole, revendu en 1992, il est resté inoccupé jusqu’à sa nouvelle revente en 2003 et ses premières restaurations n’ont débuté qu’en 2004.
