Le village d'Alluy existait déjà à l'époque gallo-romaine, deux voies importantes s'y croisaient (Autun-Nevers et Decize-Champallement). L'église aurait été fondée sur un ancien cimetière. Ses parties les plus anciennes remontent au 12e siècle : la crypte, la nef et l'ancien chœur. Eglise orientée, de plan rectangulaire à l'origine, elle a subi travaux et modifications au cours du temps, particulièrement aux 15e et 19e siècles. Elle se distingue par sa nef à un vaisseau couverte d'une fausse voûte en anse de panier. Le porche abrite un portail typiquement roman. Le tympan a été modifié et comporte aujourd'hui un vitrail réalisé à la fin du 19e siècle. Le bas-côté de la nef et la chapelle datent du 15e siècle. A cette occasion, le mur gauche de la nef et de la travée d'avant chœur a été ouvert et flanqué d'arcades. L'actuelle abside à chevet plat a été réalisée au milieu du 19e siècle, remplaçant l'ancienne abside ronde. Le clocher recouvert d'ardoise était jusqu'en 1891 recouvert de bardeaux. L'église est inscrite au titre des Monuments historiques depuis 1985. A noter la présence d'un haut-relief en pierre polychrome du 16e siècle, classé Monument historique depuis 1913. D'une hauteur de 1,20 mètre, il représente une Glorification de la Vierge (Vierge à l'Enfant) et impressionne par son réalisme d'art populaire. Le grand trésor de l'église d'Alluy réside dans sa crypte exceptionnelle datant du 12e siècle, ornée de peintures murales du début du 14e siècle.
