Lors des dernières époques glaciaires (20 000 à 10 000 avant JC), les eaux de fonte d'un glacier, froides et abondantes, ruisselaient à la surface des roches calcaires et s'infiltraient par des fissures drainantes qu'elles élargissaient peu à peu par dissolution de la roche. En quelques milliers d'années s'est élaboré un réseau souterrain où étroites fissures et vastes salles connaissant plus ou moins d'eau se succèdent. Aujourd'hui, la Grotte de la Pontoise n'est plus le siège d'une circulation importante d'eau. Les eaux cirulant dans les galeries souterraines émergent à l'air libre par des exurgences. La Grotte de la Pontoise est l'une des entrées d'un réseau souterrain affluent de la Bienne, dont l'exploration est possible sur les 315 premiers mètres. Moyennant un minimum d'équipement et beaucoup de prudence, la Grotte de la Pontoise se laisse explorer par des visiteurs respectueux du site. Cependant, certaines parties présentent des dangers de chutes sur un terrain glissant et pentu. Le parcours des eaux souterraines : La Grotte de la Pontoise est un ancien point d'entrée des eaux dans un vaste système de circulation souterraine (dénommé "karst"). La coloration à l'aide de fluorescéine, d'un filet d'eau s'échappant de la grande salle, montre que l'eau colorée ressort 10h plus tard aux sites des exurgences de la Borne à Coupier et du bief Goudard, soit un parcours souterrain de 2km à vol d'oiseau pour un dénivellé de 300m. Connu uniquement à cette entrée et aux deux sorties des exurgences, le réseau karstique dont fait partie la Grotte est certainement très étendu et draine l'eau d'infiltration de tout le versant de la Vallée de la Bienne. Tout rejet polluant en surface aura des conséquences néfastes sur la qualité de l'eau des sources jurassiennes.
