Indissociable du lac des Mortes, duquel il n'est séparé que par une mince bande de terre, le lac de Bellefontaine est un lac d'altitude, peu profond, alimenté par des sources et la fonte des neiges. Si le lac de Bellefontaine se trouve dans le Jura, le lac des Mortes est situé majoritairement dans le Doubs, leur situation étant à cheval sur les deux départements. Le lac n'est pas un lieu de baignade, mais son environnement recèle une grande richesse, une tourbière la plus protégée de Franche-Comté, avec une végétation de type boréo-arctique et une faune fragile. Une randonnée faisant le tour du lac est possible.
