Les collections historiques du musée, parmi les plus anciennes en Europe, sont présentées dans une salle magnifique construite entre 1905 et 1907. Cette salle, témoin de l'histoire médicale, se trouve dans une extension du bâtiment initial conçu par l'architecte Ginain pour le "Collège de Chirurgie". Fermé pendant la Révolution, le bâtiment a rouvert en 1795 avant la création du musée en 1955. On y trouve des portraits de médecins du XVIIIe siècle, des instruments chirurgicaux anciens et une collection variée.