L’édifice est classé aux Monuments Historiques depuis 1913. Monument incontournable de la ville d’Arbois, c’est aussi le lieu où Louis Pasteur venait prier avec sa famille. Monument incontournable de la ville d’Arbois, l’église Saint Just est historiquement le centre religieux de la ville. À l’époque médiévale, c’était un prieuré fortifié sous l’autorité d’un prieur. Il s’est développé à partir du XIe siècle en étant dépendant de l’abbaye bénédictine de Saint-Claude dans le Haut-Jura. L’église Saint Just est donc une église abbatiale et paroissiale. L'édifice a subi plusieurs modifications au fil des siècles et notamment sa Tour clocher. C’est l’archiduchesse Marguerite d’Autriche en 1528 qui a voulu édifier la plus haute tour du Jura. Pour ce faire, l’endroit du clocher a été déplacé. Selon une étude de l'archéologue Gustave Duhem, le clocher était situé au carré du transept de l’église. Elle était, à l’origine, 20 mètres plus haut. Mais en 1651, le prieur a fait tirer un feu d’artifice au sommet de la Tour. Malheureusement, un incendie s’est déclaré et la Tour s’est en partie effondrée. Au moment, de la reconstruction en 1715, le clocher a perdu 20m. Elle servait aussi de tour de guet à l’ensemble des fortifications. Sa pierre ocre est une pierre calcaire issue de la carrière de Montesserin. À l’intérieur de cette Tour, une salle des cloches abrite un gros bourdon de 4,4 tonnes, Noémie-Eugénie, fondue à Lons-le-Saunier en 1846. Et deux autres cloches qui viennent de la fonderie Paccard à Annecy, une de 1,6 tonnes : Paule-Clothilde-Marie et une autre de 800 kg : Félicie-Valentine-Marie-Joséphine. Au-dessus de ces cloches, une terrasse sur laquelle permet de découvrir la ville d’Arbois avec à 360°. Encore au-dessus, se trouve le carillon, également classé aux Monuments Historiques dont 11 des 20 cloches furent coulées en 1738. Plusieurs styles architecturaux se superposent. La nef centrale est caractéristique du roman bourguignon plutôt sobre, les piliers de la nef sont sans ornements (pas de chapiteaux). Le XIIIe siècle marque une autre étape importante de construction. C’est notamment l’époque du changement du plafond avec des voûtes de pierre qui remplacent la charpente en bois. Ce changement a provoqué un effondrement au niveau du chœur qui fut reconstruit. Et une série de chapelles fut érigée au XIVe siècle pour faire office de contreforts à la poussée des voûtes. À l’intérieur, des vitraux du XIXe siècle mais aussi des vitraux contemporains représentent des Saints, la vie de Saint Just, la fête du Biou et le vitrail du Pélican, emblème de la ville qui est accompagné de la devise de la ville : SIC HIS QUOS DILIGO (ainsi je fais ceux que j’aime). Le vitrail de l’abside date du XIXe siècle. Une superbe sculpture d’une Vierge à l’Enfant datant de 1380 est exposée à l’intérieur des murs de cette église : la Vierge à l’Enfant à la Tige de Fleur. Elle est l’œuvre d’André Beauneveu donc d’inspiration tournaisienne. Elle est faite en pierre calcaire. La chair à prêcher et le buffet d’orgue ont été réalisés par les Frères Lamberthod, des menuisiers ébénistes d’Arbois. Plusieurs confessionnaux disposés dans les chapelles ont aussi été construits par eux. Tous ces objets datent du XVIIIe siècle. L’orgue, facteur Carouge, date aussi du XVIIIe siècle. Un festival de concert d’orgue a lieu tous les ans l’été à Arbois. L’église Saint-Just est lieu de la cérémonie religieuse de la fête du Biou le premier dimanche de septembre.
